El segon governador de les Índies Occidentals (terres americanes) va ser Nicolás de Ovando, que arribà a l'illa de l'Espanyola el 1502 per substituir a Francisco de Bobadilla. Les Antilles Espanyoles van estar sota sobirania espanyola des de 1492 fins al 1898.
El governador Nicolás de Ovando va definir una política d'ocupació del territori de les Antilles Espanyoles molt clara:
De Ovando organitzà un sistema de repartiment de mà d'obra índia per assegurar la rendibilitat econòmica de la colònia. Un repartiment de mà d'obra que no volia dir esclavitud (no es reparteixen indis com si fossin esclaus) perquè jurídicament no ho eren, però la realitat dels fets va ser que el tracte cap als indis era d'una esclavitud encoberta. El sistema que implantà De Ovando, amb el suport de la Corona, va dur a terme allò que Colom ja havia iniciat uns anys enrere: el repartiment d'indis. La persona que rebia l'encàrrec era l'ordinari.
L'encàrrec era la cessió temporal del tribut que tot indi havia de pagar a la corona en el moment que l'indi era declarat vassall de la corona. La corona cedia amb caràcter temporal aquest tribut a l'ordinari. Com l'indi no tenia res de valor a oferir sinó la seva feina, l'indi pagava el tribut a la corona amb la seva mà d'obra. El que rebia temporalment l'ordinari era el fruit de la feina de l'indi.
A canvi de què aquesta cessió?
Tots els colons volien rebre una encomienda d'indis en el Nou Món. Tothom les reclamava. Rebre una encomienda no equivalia a rebre una cessió de terres. Quan un colon rebia una encomienda s'oblidaven ràpidament de les seves obligacions amb la Corona, no es preocupaven dels indis i no s'interessaven pel tema de l'evangelització. L'únic interès que tenien era explotar-los fins a la seva mort.
La caiguda de la població autòctona de l'illa de l'Espanya va ser una realitat, conseqüència de la pressió a la qual va ser sotmesa per part dels castellans.
La caiguda de la població índia va tenir conseqüències:
L'any 1511 s'establí la primera Reial Audiència de Santo Domingo, amb una doble funció: de justícia i de govern de territori. El president d'Audiència podia ser a la vegada el governador d'un territori. Determinats religiosos ja s'estaven queixant de la pèrdua d'indis.
La corona desenvolupà el primer cos de lleis per aplicar a Amèrica: les Lleis de Burgos de 1512. Eren un total de 35 lleis que cercaven bàsicament limitar el prestigi social dels ordinaris, reduir el seu poder polític i procurar reduir els beneficis econòmics. Tot això a costa dels indis. Una llei per limitar els mals que s'estaven fent als indis i es limitava el nombre d'indis que una persona podia tenir (mínim 40, màxim 150).
La corona s'adonà que si limitava el nombre d'indis que la gent podia tenir, ningú volia viatjar a Amèrica. Faltava un estímul. Què es va fer? La Corona va ser la primera a saltar-se les seves pròpies lleis. A partir de 1513 una persona podia tenir més d'1 encomienda. No era una política de protecció de l'indi.
El 1512 el jurista Juan López de Palacios Rubios va rebre un encàrrec per part de la Corona: desenvolupar el tractat del Requerimiento. Era un text que havia de ser llegir als indis abans que es produís l'ocupació del territori.
Tècnicament, els colonitzadors llegien als indis en llatí allò que els passaria. El que deia el requeriment és: si l'indi acceptava el requeriment, no es produïa una conquesta, es produïa una cessió lliure de poder. Seria una transmissió de poder, sobirania. Si l'indi no acceptava, s'entrava en una situació de rebel·lia i, per tant, d'ocupació.
A partir de 1513 tècnicament mai es produí una conquesta d'Amèrica, es va ocupar.
Entre 1515 i 1520 Diego Colom tornà a Castella (estava més interessat pel desenvolupament dels Plets Colombins). En aquest ambient, amb un seguit de religiosos que criticaven l'actuació castellana a Amèrica, la monarquia experimentà una possible sortida a la crisi durant el període 1516-1518: 3 frares de l'orde dels Jerònims van governar de forma col·legiada l'illa de La Española, per veure si així la situació millorava. Pràcticament, tots els ordinaris s'aixecaren contra els clergues.
El que va fer la corona va ser apostar pel govern de l'Audiència entre 1518 i 1830. El 1520 tornà Diego Colom a La Española. Moments de prova. L'única cosa clara era que la població autòctona estava caient en picat.
Al mateix temps a la cort arribaven notícies de la creació de l'Imperi Portuguès a Àfrica i Àsia. En aquesta primera dècada d'ocupació portuguesa al Brasil, entre 1502 i 1512, es calcula que van aconseguir 800 kg d'or a l'any, mentre que a les illes de les Antilles se'n produeixen 300 kg. La idea que circulava a Castella era que l'Imperi Portuguès era molt més rendible i que s'havia de disputar a Portugal les riqueses d'Àsia.
El Tractat de Tordesillas de 1494 dividia el planeta en dues zones d'influència. S'establia una zona de control per a Portugal establerta a l'est durant 180°. La línia imaginària a 180° quedava a les Filipines. Tota Àfrica, Aràbia i Àsia era per a Portugal. El que no estava clar era a qui corresponien les índies d'Oceania.
Quedava clar que Portugal sortia guanyant. Castella disputà a Portugal una part d'Àsia, utilitzant la ruta de Colom. El que calia era trobar el pas per arribar a l'Àsia de Marco Polo. Què va fer la monarquia? Començà a planificar la recerca del pas i s'organitzaren una sèrie de viatges per explorar aquestes terres. Als castellans els causà una frustració inicial aconseguir tan poc or.
Juan Rodriguez de Fonseca, bisbe i primer organitzador de la política colonial a Amèrica entre 1493 a 1523. Des de 1503 la Corona es dotà d'una nova institució, la Casa de Contractació, per controlar a escala política i econòmica els viatges cap al Nou Món. La responsabilitat d'aquesta nova institució va recaure en Rodríguez de Fonseca.
L'any 1504 morí la reina Isabel I. Fins a 1508 la Junta de Burgos no va prendre decisions respecte a la recerca d'aquest nou pas fins a Àsia. A la Junta estava a més del rei Ferran el Catòlic, Rodríguez de Fonseca, Américo Vespuccio, Vicente Yáñez Pinzón, Juan de la Cosa i Juan Díaz de Solís.
La Junta de Burgos va ser organisme convocat pel rei Ferran el Catòlic que reuní teòlegs i juristes per posar ordre al procés de conquesta i colonització dels nous territoris americans i dotar d'una certa protecció a la població indígena.
Les principals decisions de la Junta recollides a les Lleis de Burgos van ser:
Ojeda es dirigí a Urabá (costa Colòmbia) i Nicuesa a Veragua (Panamà). Van ser expedicions planificades des de la Cort, però no deixaven de ser expedicions organitzades i finançades per particulars. Van aconseguir formar un grup bastant important de 800 homes. El seu únic interès era obtenir or i esclaus. Els indis presentaven batalla. Això els donava dret a esclavitzar-los.
L'any 1510 la doble expedició ja havia fracassat. Tot i que van rebre reforços, dels 800 homes només quedaren 300 homes. Panamà era un lloc amb temperatures altes i molta humitat, hi havia moltes malalties. Una de les persones que arribaren com a reforç a Panamà, Vasco Nuñez de Balboa, en vista del caos, aconseguí que els supervivents de les dues expedicions s'unissin en un antic poble dels indis, el Dairon i el refundaren com a "Santa Maria la Antigua de Dairén" i Balboa aconseguí per aclamació popular ser elegit cap de l'expedició i aconseguí triomfar on s'havia fracassat.
El que va fer Balboa va ser aliar-se amb diversos cacics de la zona. Procurà fer unes reclamacions d'indis, menjar i indis a uns nivells tolerables. Actuà amb una certa mesura. Amb els cacics que es mostraven hostils, Balboa no dubtava a utilitzar la violència, el terror. Balboa feu servir l'aparellament. Es va prenent nota de com s'havia d'actuar. Francisco Pizarro estava en el grup de Balboa.
Els indis de la zona van començar a explicar que a pocs dies es trobava una gran extensió d'aigua. Balboa el 1513 organitzà una gran expedició per buscar aquesta aigua. Es portà a 190 hispans i 800 indis. Sense l'ajuda dels indis tot això no es podia fer. El setembre de 1513 Balboa descobrí el Mar de sud. No era un llac perquè l'aigua era salada i veient la marea s'adonà que allò era important. Travessant per Panamà descobreixen un altre oceà, i darrere d'ell hi havia Àsia.
Quan aquestes notícies arriben a Castella, Fonseca organitzà entre els anys 1515 i 1519 una sèrie de viatges per veure si es trobava el pas. Entre 1516 i 1519 s'envià a Juan Díaz de Solís que descobrí el Riu de la Plata. Des de Cuba s'organitzaren tres expedicions seguides que exploraren tot el golf de Mèxic sense resultats.
S'afeixen els viatges d'anglesos que ja havien descobert la part nord de la península de Florida el 1519. Ja sabien que des del Labrador fins a Rio de la Plata hi havia costa contínua. Només hi havia dues opcions: o cercar el pas pel nord o pel sud.
Rodríguez Fonseca va fer la seva aposta: demanar ajuda a Fernao de Magalahes l'any 1517. Magalahes era un prestigiós capità portuguès que havia estat en la primera expedició que arribà a les illes d'Oceania el 1511. Tenia experiència en navegació a Àsia. Magallanes (com era conegut a Castella) recuperà la vella idea de Colom i pensà que les Moluques (Oceania) estaven a tocar d'Amèrica. Això era molt més curt que la ruta portuguesa i recuperava la idea d'arribar a Àsia per occident, no per orient.
Magallanes passava a prestar els seus serveis a Castella. Es deixà seduir pels diners i els càrrecs. Signà una capitulació en 1518 amb l'emperador Carles I. Finalment el setembre de 1519 van partir 5 vaixells amb 87 homes (l'expedició costà 8.400.000 maravedisos). L'objectiu era intentar buscar un pas pel sud per connectar amb Àsia a través de les illes Moluques. Magallanes sabia que gairebé totes les espècies venien d'aquestes illes. Fonseca volia saber si les illes Moluques estaven dins de l'àmbit portuguès o l'hispà. Els costa un any arribar al sud d'Amèrica. No tenien ni idea de l'extensió de la Patagònia. Arribaren fins a l'estret de Magallanes el novembre de 1520. Un vaixell s'enfonsà i un altre s'havia amotinat i havia posat rumb de tornada a la península. Es trobaren amb el Pacífic.
Magallanes arribà el 1520 a la punta sud d'Amèrica, l'Estret que rebrà el seu nom. Començà l'expedició navegant pràcticament sense patir cap tempesta, tampoc trobaren signes de terra. D'aquí l'origen del nom d'oceà Pacífic. Molt a la fi aconseguiren passar per mitjà de l'arxipèlag de les Mariannes i les Carolines. Pateixen moltíssimes malalties. La millor font per conèixer el viatge és la crònica del venecià Antonio Pigafetta.
El març de 1521 arribaren a les Illes Filipines, no a les dues grans, sinó la mitjana de Cabá-Mactan. Magallanes pactà amb alguns líders de la zona, que es van involucrar en els conflictes bèl·lics que ja existien prèviament. Era la seva tradició portuguesa. Realitzà un desembarcament a l'illa de Mactan, no calculà bé i tots van acabar morts per acció de la gent de la zona, inclòs el capità Fernando de Magallanes.
Ara ja no quedava tripulació i els supervivents van haver de triar nous capitans: Esteban Gómez i Juan Sebastián Elcano. Tots dos van decidir acabar l'expedició seguint els plans ideals el novembre de 1521. Aconseguiren arribar a l'objectiu: illa de Tidore, en el grup de les Maluques. Allà on es produeixen les espècies. Van carregar amb tot el que van poder. No es posaven d'acord en el viatge de tornada.
El setembre de 1522 arriben a Sevilla (havien sortit l'any 1519). L'opció de Colom del viatge per occident era un viatge de tres anys per mar. Dels 5 vaixells tornà 1 (de 237 18 homes). Només amb les espècies que transportava 1 vaixell es cobrí el cost de tota l'expedició, fins i tot hi va haver un petit marge de benefici. El cost total de l'expedició va ser de 8.400.000 maravedisos.
Això demostrava que el veritable tresor estava a l'Àsia. Van ser els portuguesos els qui havien encertat. Com que Castella va veure que les Moluques era un lloc desitjable se signà un tractat amb Portugal el 1529: Tractat de Saragossa. Portugal li comprava els drets a Carles I sobre la possessió de les Moluques per 350.000 escuts d'or, els portuguesos treien molt més benefici. Gràcies al viatge de Magallanes-Elcano, tothom va tenir clar que Amèrica era un quart continent. L'opció era clara: descobrir el Nou Món.