A diferència d'Hernán Cortés, que apartà de la seva aventura conquistadora a Diego Velázquez, Francico Pizarro (1476-1541) comptà amb el suport de Diego de Almagro (1472-1538), tots dos veterans de la zona de Panamà per emprendre la conquesta de l'Imperi Inca. Havien estat en les expedicions de Vasco Núñez de Balboa. Era gent que havia fet diners a Panamà i a partir d'un moment determinat es van fer ressò de les llegendes que arribaven de les terres de Colòmbia: informació que deia que molt al sud hi havia un gran imperi.
Pizarro l'any 1523 decidí buscar l'Imperi Inca i conquerir-lo. L'exemple de Cortés era important. Pizarro començà a organitzar viatges exploratoris entre 1523-1528 per trobar el rastre d'aquest imperi. L'opció era viatjar per mar.
Finalment, entre els anys 1527-1528, en l'última expedició prevista, Pizarro i Almagro van trobar una ciutat que pertanyia al món dels inques: Tumbes (al nord de l'actual Perú). Un cop trobada aquesta pista, Pizarro i Almagro no van cometre l'error de Cortés i van optar per dur a terme la conquesta de l'Imperi Inca de forma legal. Per això Pizarro viatjà entre els anys 1528-1530 a Castella per sol·licitar permís i signar una capitulació, signada el 1529. Aquí van començar els problemes. Fou Pizarro qui signà el document. Però Almagro no va rebre el mateix tracte per part de la monarquia, ja que no li van concedir les mateixes promeses de futurs càrrecs polítics que si va rebre Pizarro. Això donà lloc a les guerres civils del Perú entre els conqueridors castellans.
Pizarro reclutà gent per a l'expedició provinent de la seva comarca d'origen, Extremadura. Van sumar-s'hi els seus 4 germans i 100 homes de la seva comarca, els més propers a la seva pròpia persona. No eren soldats d'ofici i tampoc havien estat mai a Amèrica, eren simplement voluntaris. El 1530 s'inicià el viatge a Panamà. Travessaren l'istme fins a arribar al Pacífic i s'embarcaren cap al sud. El gener de 1531 s'engegà la conquesta de l'Imperi Inca, amb una expedició formada per 180 homes, 2 vaixells i 37 cavalls No està clar que portessin artilleria.
L'emperador inca Huayna Cápac havia mort el 1525. Les cròniques diuen que va morir a conseqüència de la malaltia de la verola. Els cronistes es troben amb una posició fàcil. Cápac va tenir 2 fills de mares diferents: l'hereu legítim, Huàscar i l'il·legítim, Atahualpa. Els cronistes van entendre que en morir l'emperador es va produir una guerra civil per disputar-se el càrrec entre els dos germans.
Quan Pizarro arribà al territori inca s'involucrà en la guerra civil, donant suport al bàndol que els castellans creien era el bo (Huàscar). Huàscar va ser executat el 1532 en mans del seu germà Atahualpa. Un any després Pizarro empresonà i executà a Atahualpa. Aquesta explicació ajuda a entendre el perquè de la conquesta del Perú des del paràmetre modern europeu. Però no és l'explicació real.
La historiografia actual parteix de l'obra de l'historiador peruà Franklin Pease GY "Los últimos incas del Cuzco" (1972).
L'Imperi Inca (en llengua quítxua: Tawantinsuyu, "les 4 regions") estava dividit en 4 zones. Pels inques el centre del món estava a la seva capital, Cusco, lloc sagrat. La figura de l'inca (mal assimilada a l'emperador) era el centre sagrat mòbil de l'imperi. L'inca no podia ser vist pels seus súbdits. Ell no tocava res que li oferissin. Perquè tot funcionés bé, l'inca havia de romandre a Cusco. La figura de l'inca havia de complir una doble funció:
L'inca resident a Cusco que desenvolupava aquestes dues funcions era la situació ideal de l'Imperi. El que sembla que passà durant la conquesta castellana va ser:
Huayna Cápac sense pretendre-ho ha portat el caos a l'Imperi. Havia emprès una gran quantitat d'accions militars cap al nord: conquesta de l'Equador el 1520. Huayna Cápac abandonà el Cusco per anar al nord. El que va fer va ser assumir únicament la seva condició no tant d'inca sinó de Cusco Hanan i deixà una persona a Cusco cobrint la faceta religiosa del Cuzcourin. Dualitat de poders.
Huayna Cápac fundà una altra ciutat al nord, Tumibamba (avui Cuenca) i feia la sensació que el que pretenia era fundar un segon Cusco. Aquesta dualitat va produir el caos. Aquesta va er la situació que es trobà Pizarro. Com acabà el caos? Quan el Cusco Hanan va tornar a Cusco i es fusionà amb el Cuzcourin.
El que es trobà Pizarro era el caos, que s'havia de resoldre a la manera inca, això no era una guerra civil, sinó una altra cosa. A la mort de Huayna Cápac el 1525, els seus fills el van succeir.
El Cusco Hanan Atahualpa havia de tornar cap a Cusco i fusionar la seva actitud amb la del Cuzcourin, Huascar. L'element que entorpí aquest procés va ser la presència de Pizarro. Aquesta suposada "guerra civil" entre Atahualpa i Huascar va ser una guerra ritual. Es barrejava amb una guerra de veritat entre els inques i algunes ètnies conquerides feia poc: guerra per la dominació del territori.
El màxim beneficiari d'aquest procés va ser Pizarro. Ell no s'enfrontà a l'Imperi. Per això triomfà. Els inques tenien grups enemics. Pizarro s'alià amb ells. L'habitual és que si això era una guerra ritual, no tenia per què haver-hi un enfrontament tradicional. El Cuzco Hanan sempre havia de triomfar per sobre del Cuzcourin. Si això era una guerra ritual, s'enfrontaven dos Cuzcos i el Cuzcourin no tenia per què morir. Com que era una situació excepcional, Atahualpa decidí matar Huascar, perquè aquí hi havia enfrontaments entre llinatges.
A partir d'aquí, s'entenen alguns passatges de cronistes. Quan Pizarro es va trobar a Atahualpa es dirigia a Cusco (ja havia matat al seu germà) i així tancava l'etapa de caos. Com que hi havia una elit de Cusco que no veia bé a Atahualpa, aquesta gent acabà donant suport a Pizarro.
Quan Pizarro arriba a l'imperi a Tumbes i s'adonà de la situació real, no es va moure d'allà. Demanà a Almagro (que estava a Panamà) que tornés amb reforços. En les següents etapes Almagro ja no hi participà. Entre la gent que portava Almagro es trobava Hernando de Soto. Pizarro necessitava temps, un any, per saber que estava passant.
Ciutat a prop de Tumbes. En cap moment sembla que Atahualpa tingués por. El grup de Pizarro estava format entre 160-170 homes més alguns indis aliats. Davant d'aquestes forces Atahualpa tenia un gran exèrcit als afores de Cajamarca de 32.000-40.000 homes. Lògica d'engrandir al conqueridor. Es discuteix si eren soldats o indis portadors.
El que va fer molt bé Pizarro va ser preparar la trobada. Quan Pizarro anà a la cort a Castella a sol·licitar ajuda, es trobà amb Cortés. Se sap que Cortés li explicà la seva experiència. Pizarro sabia que l'èxit el tindria assegurat si s'apoderava de l'emperador inca. Segons alguns cronistes Pizarro tardà a moure's perquè no sabia qui tenia el poder. Saber qui manava no era gens fàcil. Quan Pizarro s'assabentà que Atahualpa li oferí una entrevista, va entendre ràpidament que era el moment tan esperat. El 16 de novembre de 1532 es va realitzar l'entrevista.
Pizarro se les enginyà per arribar amb temps suficient i preparar la trobada. Aquí no hi havia grans ciutats. Cajamarca tenia 2.000 habitants. El que si tenien en comú era una gran plaça central, que a Cajamarca no era però un gran espai. Pizarro tenia 60 homes de cavalleria. Els dividí en 3 grups i els col·locà de manera que deixà una sola entrada a la plaça per a l'emperador i redistribuí la seva cavalleria en els 3 costats de la plaça. Els cavalls anaven carregats amb cascavells per espantar els indis.
Pizarro va distribuir la infanteria en els carrers que desembocaven a la plaça. A cada carrer col·locà 80 homes i davant del carrer on arribà Atahualpa col·locà 24 homes de la seva guàrdia personal. Hi havia 160 homes en total.
Atahualpa entrà a la ciutat amb el seu seguici, centenars de persones. Pizarro li envià un frare dominic, Vicente de Valderde, amb dos traductors indis que li van llegir el requeriment. El frare Valverde s'acostà a Atahualpa trencant els codis de conducta habituals i el protocol i li presentà uns sants evangelis i li va dir que allà estaven els ensenyaments de Crist. Atahualpa agafà el llibre amb un cert fàstic i el rebutjà tirant-lo a terra. Quan el frare va veure aquest gest, cridà a Pizarro i donà l'ordre d'atacar. Es produí un cert moment de xoc, que es va resoldre quan Pizarro s'apropà a Atahualpa, l'agafà d'un braç i el llençà a terra. Immediatament el va fer presoner. Això deixà als inques fora de lloc.
Els indis es van posar nerviosos i intentaren escapar de la plaça. La por dels indis va provocar una gran estampida causant la mort per asfíxia de la major part dels indis. Els indis que no van morir, van quedar a l'espera dels nous esdeveniments.
A partir de novembre de 1532 Atahualpa va ser fet presoner. Van iniciar-se les negociacions amb Pizarro. Atahualpa li oferí el pagament d'un rescat a canvi de la seva llibertat. Des de Cajamarca Atahualpa envià emissaris demanant objectes de plata i or per pagar el rescat. Es diu que aprofità l'enviament d'emissaris per formar un exèrcit que el pogués alliberar. Això serví per condemnar Atahualpa com a traïdor. També es diu que ordenà la mort de Huàscar, executat el gener de 1533. Es va concentrar a Cajamarca un gran tresor que constituí un botí d'1.500.000 pesos.
L'abril de 1533 Almagro s'incorporà a la conquista amb 150 homes de reforç. No cobraren res del rescat. Pizarro donà a entendre que Atahualpa era un personatge perillós perquè era una persona molt respectada. La millor opció era eliminar-lo. A Atahualpa el van jutjar en un procés acusat de traïdor. Quant a súbdit de Castella se l'acusà de l'assassinat de Huàscar i l'organització d'un exèrcit contra Pizarro. Condemna: pena de mort.
La disjuntiva era: "si no ets cristià et cremem a la foguera, però si et bateges et matem el garrot". Atahualpa es batejà i passà a ser un noble: Don Joan Atahualpa. Però a un noble se li tallava el cap. Fou executat el 26 juliol 1533.
El següent pas era anar a Cusco, la capital. L'expedició va sortir de Cajamarca el juliol i arribà a Cusco el novembre de 1533. Pizarro ja sabia que era un gran imperi. No es podia presentar com a Inca. Dins el llinatge de Huàscar, Pizarro buscà un príncep i ell el nomenà com a Inca: Manco Cápac II (germà d'Atahualpa). L'exèrcit de Pizarro, sense gaires esforços, arribà a Cusco i Manco Cápac fou proclamat com a nou Inca, però controlat per Pizarro. El botí de Cusco va ser d'1.920.000 pesos a repartir entre 300 homes: la major part aconseguí 3.000 pesos per cap, una fortuna. Pizarro començà a repartir terres i comandes. Al territori hi va haver successives rebel·lions.
Esdeveniments successius:
Què passava mentrestant al Perú?
Manco Cápac II s'adonà que el poder hispà s'havia traslladat a la costa. S'adonà que Pizarro no controlava l'interior. Tot just hi havia uns pocs centeners d'hispans per controlar tota la zona. A més Almagro havia marxat amb 500 homes a conquerir Xile. Manco Cápac II aprofità el moment, s'aixecà en armes contra el nou poder i posà setge a la ciutat de Cusco, entre 1535-1537. Fou el veritable moment difícil de la conquesta.
La clau: quan semblava que la situació estava perduda, Diego de Almagro es presentà a Cusco i aconseguí posar fi al setge de la ciutat, agafant als indis desprevinguts. En aquest moment Almagro s'apoderà de l'antiga capital. Cometé un error. Va fer presoners a dos germans de Pizarro, Hernando Pizarro i un altre germà, els quals després d'un any de presó, alliberà. Almagro va intentar posar del seu costat a la gent, perquè ell volia fer la guerra contra Pizarro per fer-se amb Cusco.
Reacció de la Corona: Almagro el Jove havia assassinat a un governador. El 1542 la corona envià un governador interí, Cristóbal Vaca de Castro que organitzà un exèrcit i derrotà a Almagro el Jove. L'executen. El 1543 arribà al Perú el primer virrei, Blasco Nuñez Vela, amb l'encàrrec d'aplicar les "Leyes Nuevas" de 1542 que posaven fi a les encomiendas. Es trencava amb tota la lògica fins al moment.
Aquesta política conduí a la rebel·lió de Gonzalo Pizarro entre 1543 i 1548, que tenia per objectiu declarar-se independent de Castella. Volia crear un regne independent al Perú. El 1546 Gonzalo Pizarro executà al virrei Nuñez Vela. El 1548 arribà el president de la Primera Audiència de Lima, Pedro Lagasca, qui aconseguí derrotar Gonzalo Pizarro. Va ser executat.
El 1555 es van donar per acabades les Guerres Civils quan arribà Andrés Hurtado de Mendoza com a nou virrei del Perú.
Què estava passant amb els indis? Manco Cápac II es retirà de Cusco el 1537 i creà un Estat Neoinca de la Vall de Vilcabamba (1536-1572). En 1544 morí Manco Cápac II. El poder hispà executà l'últim inca independent Tupac Amaru I el 1572.
García Hurtado era un home molt dur. Utilitzà el terror. Fundaren fins a 7 ciutats per assegurar el control. El 1548 va haver-hi una gran ofensiva dels indis aucans. Pràcticament, van destruir totes les ciutats, excepte Santiago i Valparaiso. Mataren a tota la gent que van poder. Exemple més clar de l'aculturació dels aucans. Van ser els primers indis que criaven cavalls i acabaren tenint la seva pròpia cavalleria. Després d'un combat es quedaven amb les armes espanyoles i fins i tot inventaren un tipus de regnes per conduir millor els cavalls. Adaptació de l'indi a l'enemic que l'estava atacant. La idea del fort va ser inventada a Xile per frenar els indis. El que passà a Mèxic i el Perú va ser excepcional. El normal va ser el que passà a Xile, el Paraguai, zones de Veneçuela i Yucatán.