Immediatament després de la conquesta dels territoris americans, la Corona de Castella havia de prendre mesures per consolidar la presència hispana, sobretot a la zona de Mèxic (el virregnat de la Nova Espanya). A diferència de la conquesta, la consolidació del nou règim hispà en amplis territoris del continent va ser fins a cert punt una empresa fàcil, perquè el que va fer el poder hispà va ser aprofitar-se de les estructures administratives i "fiscals" pròpies dels estats precolombins.
Una de les proves que s'exhibeixen per assegurar que el control del territori va ser senzill en certes zones és el fet que les mesures militars que es van prendre després de la conquesta, en molt poc temps es van suprimir perquè no feien falta.
Hernán Cortés, conqueridor de l'Imperi Asteca, va construir a l'antiga capital de Tenochtitlán noves defenses. Cortés havia deixat guarnicions militars a totes les ciutats conquerides. Però aquestes mesures, en poc temps, es van abandonar perquè no feien falta. Una altra qüestió era saber que estava passant a la costa. Les mesures de protecció de les costes es van prendre més tard. A la costa l'enemic no era l'indi, sinó l'europeu. No es van construir fortificacions a l'interior perquè no feien falta.
Una altra cosa eren els immensos espais de frontera, grans espais, que era l'àmplia majoria del territori americà, on l'únic que funcionava era la lluita constant contra l'indi. La defensa dels nuclis interiors va ser relativament fàcil. L'indi no va causar grans problemes. A partir de la segona meitat del segle XVI el que causava dificultats era l'europeu.
Si es pot afirmar que el control de la població a Mèxic va ser relativament senzill, va ser pels següents motius:
L'assimilació de la població indígena es va fer a través d'un procés de "conquesta militar", però jurídicament era una suplantació / transmissió de poder. En el cas d'Amèrica no només es va produir un fenomen de conquesta sinó 4 conquestes. En totes les zones de frontera on la conquesta militar va trigar dos segles a produir-se, sovint qui triomfava era el missioner i aleshores es realitzava una conquesta espiritual.
A poc a poc començava a arribar la població hispànica disposada a assentar-se en aquests territoris: s'iniciava la conquesta demogràfica.
Quan ja estava aquest procés en marxa es produí la reacció de la monarquia, que no volia que aquests territoris se'ls escapessin del seu control: era la conquesta burocràtica.
Joc brut de la corona. El 1522 l'emperador Carles V ignorà el governador de Cuba i nomenà a Hernán Cortés com a governador general i Capità General de Mèxic, que a partir de 1535 seria anomenat com a Virregnat de la Nova Espanya. El primer virrei va ser Antonio de Mendoza.
Què va passar amb Hernán Cortés? Volia construir una Nova Espanya, un territori assimilable a la metròpoli. Com que sabia tot el que havia passat amb les encomiendas a Cuba, Cortés inicialment no va voler estendre aquell model a Mèxic, bàsicament perquè volia evitar la ruïna demogràfica (la mort dels indis). El que volia era repartir terres als seus homes (grans extensions de terra), però perquè ells les treballessin: convertir els conqueridors en colons.
Els hispans que van participar en la conquesta de Mèxic amb Cortés se sentien defraudats i no volien posar-se a treballar. Fúria constant contra Cortés. La gent estava molt insatisfeta, perquè el que realment volien eren indis. Cortés va pensar el següent: sol·licitar al rei que hi hagués càrrecs perquè l'encomienda pogués ser hereditària. Forçosament, l'encomienda havia de ser hereditària, perquè si l'ordinari sabia que els indis que se li concedien els podia deixar en herència, els cuidaria millor. D'aquesta forma Cortés creia que s'evitarien les matances d'indis indiscriminades.
Com Cortés no es fiava de ningú, va exigir que els ordinaris (càrrecs hispans) visquessin a les ciutats i que fossin els cacics indis els qui s'encarreguessin de fer treballar els indis al camp. L'elit europea s'ubicaria al món urbà i el control dels indis aniria a càrrec dels mateixos indis, perquè els europeus no estiguessin a sobre dels indis i els matessin de fer feina. Separació entre l'indi i el castellà.
El paper de l'ordinari segons Cortés havia de complir dues funcions:
La Corona què obtenia a canvi? El pagament de tributs i riqueses. Què guanyaven els indis? A canvi del seu treball, se'ls permetia formar part de la civilització cristiana.
La solució de Cortés passava per les encomiendas hereditàries. Entre 1524-1526 Cortés no va estar a Ciutat de Mèxic. Va emprendre una sèrie d'exploracions en direcció sud per veure si trobava una altra civilització i conquistar-la. Guatemala ja havia estat conquerida per Alvarado el 1524. Cortés es dirigí a Hondures i El Salvador. A poc a poc es van fent amb tota Amèrica Central. Els enemics de Cortés, que eren molts, van començar a causar problemes a Ciutat de Mèxic. Aquest mal ambient a la Nova Espanya obligà la Corona a prendre una decisió: destituir Cortés com a governador general del territori. Es repetí la mateixa història que ja havia passat amb Colom.
La corona repetí la mateixa jugada: va crear la Primera Audiència entre 1527-1530. El seu president actuà com a governador. Error de la monarquia: nomenar com a president de l'Audiència a l'enemic més gran que tenia Cortés, Nuño de Guzmán. De Guzmán i els seus aliats van exigir el repartiment de càrrecs i l'empresonament de Cortés i els seus fidels. També demanaven l'assignació d'encomiendas.
Entre 1539-1546 Nuño de Guzmán conquistà el nord àrid de Mèxic, on es trobaven les grans mines de Plata. En diuen Nova Galícia. Conquesta absolutament terrible. La Corona decidí fundar la Segona Audiència entre 1531-1535. Aquí es veia molt bé la política pendular de la monarquia. Com a president van nomenar el bisbe Sebastían Ramírez de Fuenlabral, que era un defensor dels indis.
El 1538 Cortés tornà a la Cort per a protestar davant el rei. El rei el confirmà com a capità general del territori. Però el rei més que concedir-li una encomienda, li concedí un senyoriu a l'estil europeu. El van nomenar Marquès de la Vall d'Oaxaca. Se l'atorgà un senyoriu que comptava amb 23.000 indis que passaren a ser súbdits de Cortés. Tots ells habitaven en 22 pobles en un territori d'11.550 km². La monarquia s'oposava als plans de Cortés perquè no volien que crees una nova aristocràcia a Amèrica, però, així i tot, li van atorgar el títol de noblesa. Cortés tornava a Nova Espanya i realitzà noves expedicions de conquesta a la zona baixa de Califòrnia.
Com que el sistema de les Audiències no funcionava, la Monarquia constituí el virregnat de Nova Espanya el 1535. Això suposava adequar la realitat d'Amèrica a les estructures polítiques pròpies d'Europa. Ja des de Castella es començava a veure els territoris d'Amèrica no com una colònia sinó com una part més de la Corona. Era una diferència molt important respecte el que estava passant a Amèrica de Nord.
El primer virrei de Nova Espanya va ser Antonio de Mendoza. Va ser la mateixa Corona que el 1536 digué a Mendoza que a partir de llavors les encomiendas que es concedissin serien hereditàries. No sabien que fer i improvisaven. Justificació: en cas de revolta dels indis, els únics que podien defensar el territori eren els ordinaris. Als territoris de la Nova Galícia (nord de Mèxic) els indis sí que estaven disposats a lluitar. Eren els indis Txitximeques, molt problemàtics. Quan van destituir al governador Ovando el 1509 la corona ja intentà legislar contra l'encomienda no hereditària.
Entre els anys 1528-1532 només a Cuba la corona va estar disposada a concedir eencomiendas hereditàries, perquè d'alguna manera la corona havia de compensar les vídues i els desvalguts dels ordinaris que havien mort. En les encomiendas l'indi que sobrevivia a un ordinari, passava a estar en mans de la corona. Tot molt contradictori.
El 1542 la corona tornà a legislar contra l'encomienda a les Lleis Noves. Davant les crítiques originades des d'alguns sectors eclesiàstics de tot el que succeïa a Amèrica, la Corona va crear un segon corpus jurídic. Propugnava que l'encomienda no fos hereditària. Quan arribà el decret al virrei Mendoza va dir el següent: "acato el decret, però no el compleixo". Ho justificà perquè el 1540-1541 s'havia produït una gran revolta al nord: Guerra del Mixtón (fins al 1600 no se signà la pau). El virrei Mendoza aconseguí derrotar els revoltats amb l'ajuda dels ordinaris. Repressió terrible, amb execucions que van causar gran terror entre les indígenes.
L'any 1543 el virregnat del Perú, Blasco Nuñez Vela va ser el primer virrei. S'intentà aplicar les Lleis Noves, però va haver-hi problemes: va ser l'excusa de Gonzalo Pizarro per aixecar-se en armes. El 1545 Carles I s'adonà que aquesta política no tenia futur. Retirà les mesures més dures i concedí l'encomienda hereditària a dues vides.
Com els indis seguien desapareixent, van decidir a partir de 1549 canviar la naturalesa de l'encomienda:
Al final l'encomienda va tenir una doble via: